同年十一月，土肥源咸耳又策动国民党冀东行政督察专员殷汝耕，在通县成立名为“冀东防共自治政府”的傀儡政权，控制了冀东二十二个县。“自治宣言”中那些“脱离南京中央”、“实行防共自治”之类的表述，真像毒蛇在草丛中肆意游走，发出沙沙的声响。那个政权从头到尾都是东倭侵华野心下孵化出的毒瘤。
1938年前后，他又将目标锁定在唐绍仪、吴佩孚等人身上。东倭成立“对华特别委员会”，由土肥源咸耳负责，设立“土匪源机关”，旨在拼凑统一的伪政权。
他对寓居上海唐绍仪的拉拢，用的仍是那套“您若是肯……那么您便可以……”的老手段。唐绍仪未答应完全投靠东倭，很遗憾，不久后他在上海被刺杀身亡，究竟是军统特工所为，还是东倭方灭口，至今尚有争议，但可以肯定的是，他未出山组建伪政权。故而土肥源咸耳这次并未成功。
在东倭军侵华期间，土肥源咸耳率领的第14师团等部队，在华北实施了残酷的“扫荡”和“三光政策”。保定、石家庄、邯郸等地的战斗和占领期间，发生了大量针对平民的暴行。1940年，在山西河滩用俘虏进行刺杀训练，这是东倭军当时用来“锻炼”新兵胆量的残酷手段之一。他作为方面军司令官，对此负有直接指挥责任。他用怀表和哨声控制屠杀节奏，哨声极其尖锐，压过枪声和惨叫。
太平洋战争期间，他在东南亚和中国战场均涉及对战俘和平民的残酷对待。俘虏营里还有英国士兵。那时候，汗水的味道大概都是血腥气的。
于土肥源咸耳与东倭而言，天津事变与华北自治是他们尽心描绘的画。总是会小心翼翼戴上白手套去观赏。不知道是什么时候摘下的。不，不会摘下，也摘不下。但还能知道什么时候在他们的脖颈套上绞索。
一九四五年东倭投降。9月13日，土肥源咸耳在东奇瓯被驻东倭盟军总部逮捕，关押在横滨刑务所，随后移送东奇瓯受审。1946年，他被列入甲级战犯，在东奇瓯接受审判。
他在审判中始终坚持沉默，未作任何申辩，其全程沉默、拒绝配合的态度闻名于世。可在听到死刑判决时，他满头大汗，双手不停地发抖，连翻译耳机都戴不上了。临刑前同样表现狼狈。他犯下严重罪行时，大约未考虑过任何人的死亡，包括他自己的死亡，毕竟那心如同冰块，看似永远不会融化，倒是审判后期的恐惧表现，更符合人性对死亡的本能反应。
远东国际军事法庭于1948年11月4日开始宣读判决书，至11月12日结束。判决书英文原文长达一千二百多页。法庭明确指出，土肥源咸耳是东倭对华侵略的重要策划者，长期在中国从事间谍活动，策划了“九一八”事变，推动建立伪满洲国及华北自治运动，旨在分裂中国主权。他是侵略战争的组织者、煽动者，严重侵犯包括中国在内的多国主权，最终被认定犯有破坏和平罪、战争罪等，是七名被判处绞刑的战犯之一。
他依旧沉默不语，也未表示悔罪。
世人大概以为，一死而已，一了百了。
那就先瞧着他死前的模样。
一九四八年十二月二十三日凌晨，东奇瓯低云色沉，阴冷带雨。巢鸭监狱因仅有一架绞刑台，为公平用抽签方式决定七人受刑先后顺序。土肥源咸耳抽中第一签，成为首位受刑者。得知顺序为“一”后，他神情呆滞，行刑前双腿颤抖、面无人色，甚至留有泪痕。
绳索和以前的他一样，像一条等待收紧的蛇，不会产生任何怜悯。脚下活板打开，使其坠落。这是标准的现代长距离绞刑，通过精确计算的坠落距离，利用重力冲击使颈椎瞬间骨折、脊髓断裂。按照宣布，其死亡时间约为行刑后八分三十秒。
